Le diagnostic des infections sanguines pourrait bientôt entrer dans une nouvelle ère. Des chercheurs britanniques viennent de mettre au point une technologie capable d’identifier, en quelques heures seulement, les bactéries responsables de septicémies, y compris celles que les méthodes classiques ne parviennent pas à détecter. Une avancée majeure dans un contexte mondial marqué par la montée inquiétante de l’antibiorésistance.
Publiée dans The Lancet Microbe, l’étude repose sur une approche de séquençage métagénomique utilisant la technologie d’« Oxford Nanopore sequencing », appliquée directement aux hémocultures positives. L’objectif : réduire drastiquement les délais d’identification des agents infectieux et permettre aux médecins d’administrer plus rapidement le bon traitement antibiotique.
Les infections du sang figurent parmi les urgences médicales les plus redoutées. Chaque heure perdue avant l’instauration d’un traitement adapté augmente le risque de défaillance d’organes, de choc septique et de décès. Pourtant, les techniques microbiologiques conventionnelles nécessitent souvent entre 24 et 72 heures pour fournir une identification précise du germe et de ses résistances aux antibiotiques. Un délai critique dans les services de réanimation et d’urgences.
C’est précisément cette faiblesse que les chercheurs d’Oxford ont cherché à corriger. Leur pipeline métagénomique a été testé sur 273 échantillons issus d’hémocultures hospitalières. Les résultats impressionnent : le système a permis d’identifier les agents pathogènes en seulement 3 heures et 20 minutes, soit près de dix heures avant les méthodes standard utilisées dans les laboratoires hospitaliers.
Au-delà du gain de temps, la technologie s’est distinguée par sa précision. Les chercheurs rapportent une sensibilité de 97 % et une spécificité de 94 % pour l’identification des espèces bactériennes. Plus encore, l’outil a détecté 19 infections passées inaperçues avec les techniques classiques, notamment des infections polymicrobiennes complexes et des bactéries impossibles à cultiver dans les conditions habituelles de laboratoire.
L’étude met également en lumière un autre enjeu central : la détection rapide de l’antibiorésistance. Grâce au séquençage nanopore, les scientifiques ont pu prédire certaines résistances antimicrobiennes près de vingt heures avant les antibiogrammes conventionnels. Une avance potentiellement décisive pour adapter rapidement les traitements et éviter l’utilisation prolongée d’antibiotiques à large spectre.
Les performances observées sur certaines bactéries majeures sont particulièrement remarquables. Pour Staphylococcus aureus, l’une des principales causes d’infections hospitalières sévères, la méthode a atteint une sensibilité de 100 % dans la détection des résistances. Des résultats élevés ont également été observés pour Escherichia coli, fréquemment impliquée dans les septicémies d’origine urinaire ou digestive.
Au-delà de l’innovation technologique, cette avancée pourrait transformer l’organisation même des laboratoires de microbiologie clinique. Longtemps réservée à la recherche, la métagénomique en temps réel commence à s’imposer comme une alternative crédible aux méthodes de culture traditionnelles, particulièrement face à des bactéries rares, atypiques ou difficiles à identifier.
Les auteurs restent toutefois prudents. Certains mécanismes de résistance demeurent encore complexes à interpréter automatiquement et des validations multicentriques seront nécessaires avant une généralisation clinique. Mais pour de nombreux spécialistes, cette étude marque déjà un tournant : celui d’une microbiologie capable de fournir des diagnostics presque en temps réel.
Dans un monde où les infections résistantes aux antibiotiques causent chaque année des centaines de milliers de décès, cette accélération du diagnostic pourrait devenir l’une des armes les plus importantes de la médecine moderne.
Ouiza Lataman